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Informatique et e-santé (DISC)


Informatique et e-santé (DISC)

Le Disc est principalement impliqué dans le Biom'@x sur deux actions de recherche :
• Action 1 : Utilisation des systèmes distribués temps réel pour plateformes collaboratives de télédiagnostic médical,
• Action 2 : Étude de l'évolution des biomolécules (génomes et protéines).


La première action étudie l’algorithmique distribuée pour le travail collaboratif temps réel. Il s'agit de travailler sur la couche middleware des applications de travail collaboratif : apporter la compétence système dans le domaine collaboratif. Un logiciel collaboratif est un système à base d'ordinateurs qui supporte des groupes de personnes réalisant en commun une tâche ou un but et qui fournit une interface pour accéder à un environnement commun.

Afin de développer efficacement et rapidement ce type d'applications, nous avons créé une plate-forme collaborative appelée CALIF (Collaborative Application Framework). Elle permet de prendre en compte à la fois la gestion d'applications distribuées, le partage d'objets, la cohérence des différentes copies, la collaboration de groupe, la qualité de service des communications et les nécessités de performances liées au multimédia.

Nos travaux se développent sur 4 aspects fondamentaux : 1/ Middleware, 2/ Protocoles et algorithmes distribués, 3/ Adaptabilité, 4/ traçabilité à l’aide des ontologies.


La deuxième action de recherche s'intéresse à étudier et chercher à prédire l'évolution de séquences génomiques et protéiques, à partir de données biologiques et de modèles d'évolution. L'étude porte sur notre capacité à prédire la conformation 3D prise par les protéines qui, une fois synthétisées, acquièrent une forme bien spécifique. Cette forme est déterminante au niveau du rôle des protéines, de leurs interactions.

D'autre part, l'évolution des génomes porte sur l'étude des modifications spatiales et temporelles des génomes, pour en dresser l'histoire évolutive et en prédire l'évolution future. Les modèles sont mathématiques et les données sont obtenus à partir d'ADN ancien et actuel par techniques bioinformatiques, en s'appuyant sur des espèces spécifiques types : parasites anciens et actuels (collaboration M.Le Bailly, Chrono-environnement), Pseudomonas aeruginosa, Mycobacterium tubeculosis... 


En lien direct avec Biom’@x, le DISC a obtenu des résultats significatifs :

• Action 1 :
7 Thèses soutenues (parmi lesquelles 3 co-tutelles avec l’Université de Sfax), 2 projets InterReg ont été menés, la Startup Covalia Interactive a été créée, 1 contrat de recherche externe est en cours de signature avec Covalia Interactive, de nombreux papiers ont été publiés (dont dans les 4 dernières années 6 RI, 7CI), 3 Thèses sont en cours (dont une co-tutelle avec l’Université de Sfax), et 1 Thèse (CIFRE Covalia) commence en septembre 2013.

• Action 2 :
3 thèses en cours (deux hébergées au DISC, une troisième à Chrono-environnement), l'une d'elles étant financée par le projet région 2012 PEG (paléoparasitologie appliquée à l'étude de l'évolution des génomes). Un second projet région, porté par le LMB et auquel le DISC collabore, a été accepté en 2013 pour la modélisation du déplacement des éléments transposables dans les génomes. Ces travaux se sont d'ores et déjà traduits par des articles en revues et conférences, autour de la modélisation des génomes et protéines. Enfin, des collaborations ont été initiées avec le LMB, Chrono-environnement, et la fac de médecine, ainsi qu'avec l'EPFL et Dijon.

Mots clés
• Systèmes Distribués
• Sécurité, et Sûreté
• Télémédecine, Télédiagnostic
• Adaptabilité, Transfert, Streaming des données médicales
• Génomique, protéomique
• bioinformatique
• phylogénie, Evolution


Contact : Jean-Christophe Lapayre

Lien avec le département DISC

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