L'institut FEMTO-ST est partenaire des laboratoires communs et structures communes suivants.
Le LPMX est un laboratoire CNRS-industrie commun avec la société TEMEX.
L’institut FC LAB est un laboratoire commun dont les activités sont centrées sur l’intégration, la durabilité et la fiabilité des systèmes à piles à combustibles.
FEMTO-ST est laboratoire associé au BNM (Bureau National de Métrologie) et accrédité par le COFRAC (COmité FRançais d'ACcréditation) pour réaliser des étalonnages de dispositifs temps-fréquence.
FEMTO-ST est partenaire de l'unité mixte internationale GT-CNRS du CNRS et du Georgia Institute of Technology (GT), basée à Metz.
Le LEA µTechnique franco-suisse regroupe un ensemble de laboratoires et groupes de recherche et de transfert.