FEMTO-ST-Franche Comté Electronique Mécanique Thermique et Optique - Sciences et TechnologiesL'institut FEMTO-ST est partenaire des laboratoires associés et structures communes suivants.
La fédération de recherche FC LAB est un laboratoire commun dont les activités sont centrées sur l’intégration, la durabilité et la fiabilité des systèmes à piles à combustibles.
FEMTO-ST est laboratoire associé au BNM (Bureau National de Métrologie) et accrédité par le COFRAC (COmité FRançais d'ACcréditation) pour réaliser des étalonnages de dispositifs temps-fréquence.
FEMTO-ST participe à la fédération de recherche OSU THETA dans le domaine de la métrologie du temps et des fréquences ou collabore le département Temps-Fréquence de FEMTO-ST qui développe des oscillateurs et horloges de très haute stabilité et le service temps-fréquence d’UTINAM qui cherche à améliorer la stabilité et l’exactitude des échelles de temps.