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MN2S : Stage M2 - Caractérisation d'une biopuce pour l'analyse SPRI et SERS des vésicules extracellulaires

Contexte : Les vésicules extracellulaires (EV) sont des nanovésicules émises par les cellules. Les VE présentent un intérêt tant en thérapeutique, comme vecteur de substances actives, qu'en diagnostic. Ces dernières années, l'équipe Nano2BIO de l'institut FEMTO-ST (Besançon) a développé une biopuce multiplexe pour caractériser les VE à l'aide de méthodes complémentaires (microscopie à force atomique – AFM, imagerie par résonance plasmonique de surface – SPRi) [1], [2]. Ce stage s'inscrit dans le cadre d'un projet ANR visant à ajouter la spectroscopie Raman aux méthodes de caractérisation. Cette technique permettrait d'obtenir des informations moléculaires sur la composition de la membrane des VE et leur contenu. L'intensité Raman étant faible, notre objectif est de développer une biopuce qui améliorerait le signal Raman (spectroscopie Raman améliorée en surface – SERS), tout en étant compatible avec l'AFM et la SPRi.

Objectifs du stage :
Le stage M2 sera réalisé en collaboration avec un doctorant travaillant sur le développement de la biopuce. Une première version, permettant l'amplification SERS, a déjà été produite. La prochaine étape consiste à produire une version également compatible avec la SPRI.

Profil recherché :
Les candidatures d'étudiants en 2e année de master recherche ou en 3e année d'école d'ingénieurs sont les bienvenues. Les candidats doivent avoir de solides connaissances en physique, une expérience en optique ou en plasmonique serait un plus.

Début/durée : stage d'une durée maximale de 6 mois, débutant en janvier ou février 2026
Lieu : Institut FEMTO-ST, 15B avenue des Montboucons, 25000 Besançon

Contact: 

benjamin.brunel@univ-fcomte.fr 

https://www.femto-st.fr/fr/offres-emploi-stage-these/stages#job-5883

MN2S : Stage M2 - Développement d’un dispositif microfluidique de tri d’entités biologiques rares

Intitulé du stage : Développement d’un dispositif microfluidique de tri d’entités biologiques rares à l'aide de nanoparticules magnétiques fonctionnalisées

Contexte : La détection et l’isolement d’entités biologiques rares constitue un enjeu majeur de diagnostic médical, mais également de médecine personnalisée. Les approches conventionnelles, souvent longues et coûteuses, manquent de sensibilité et de spécificité lors du travail à partir de milieux biologiques complexes. Dans ce contexte, le projet Européen FEDER BFC000802 vise à optimiser le développement et le processus de fabrication de nouvelles thérapies et biomédicaments. Une partie
de ce projet vise à détecter et/ou à isoler des entités biologiques rares (ex : cellules souches CD34+, contaminants de production, etc.) à l’aide de nanoparticules magnétiques préalablement fonctionnalisées. Le stage proposé vise à intégrer les méthodes de fonctionnalisation développées au sein du laboratoire dans une puce microfluidique, permettant ainsi de bénéficier des avantages de la manipulation de faibles volumes et de l’efficacité du tri magnétique.

Missions:  Ce stage s’articulera autour de deux axes majeurs : les nanoparticules magnétiques utilisées pour le tri de matériel biologique rare d’une part et le dispositif microfluidique d’autre part.

Profil recherché : 
Le ou la candidat(e) devra être inscrit(e) dans un Master en Ingénierie ou en Physique, avec un intérêt, et idéalement une expérience, pour les techniques de microfabrication salle blanche et/ou pour la microfluidique. Une expérience en outils de simulation numérique (comme COMSOL Multiphysics) et conception / programmation (Solidworks et/ou K-Layout, python) est un plus. Une première expérience en manipulation de nanoparticules magnétiques serait un plus. Le stage se déroulera à Besançon au sein du laboratoire FEMTO-ST (www.femto-st.fr)
Autres compétences : Capacité à rédiger des rapports scientifiques, Bon niveau en anglais.

Début souhaité : Janvier – Février 2026
Durée : 6 mois

Contact: 

katell.aldrin@femto-st.fr ; vincent.humblot@femto-st.fr; therese.leblois@femto-st.fr

+ d'infos :
Icône PDF stage_m2_tri_magnetique_vf.pdf
https://www.femto-st.fr/fr/offres-emploi-stage-these/stages#job-5876

MN2S : Stage M2 - Microfluidique pour la perfusion d’une tumeur-sur-puce

Contexte : Ce stage aura lieu dans le cadre d’un projet financé par l’Agence Nationale de la Recherche intitulé SIBorG : « Sensor Instrumented Blood-brain-barrier-on-a-chip for Nanocarrier ScreeninG ». Un doctorant travaille
actuellement sur cette thématique, et part icipera avec ses directrices de thèse à l’encadrement du ou de la stagiaire.

Objectifs du stage
Le travail attendu porte sur la partie microfluidique de cette puce, avec une partie simulation et une partie expérimentale :
• Modéliser du flux et des contraintes de cisaillements, en fonction de la géométrie du vaisseau (logiciels COMSOL Multiphysics et SolidWorks)
• Déterminer la géométrie du circuit fluidique permettant de s e rapprocher au mieux des conditions réelles pour pouvoir reproduire un glioblastome vascularisé
• Optimiser la géométrie du circuit fluidique et dimensionner les canaux fluidiques
• Fabriquer la micropuce fluidique
• Réaliser des essais de perfusion et optimiser les paramètres des pompes ou contrôleurs de pression, en prenant en compte les contraintes biologiques.
• Planifier les essais, analyser les résultats, et proposer des solutions d’amélioration

Environnement de travail : FEMTO-ST est un des centres leader de la recherche française en sciences de l’ingénieur et microtechniques (https://www.femto-st.fr/fr). Au cœur d’un environnement pluridisciplinaire, il combine du personnel du CNRS ,
de SupMicroTech, et de l’Université Marie et Louis Pasteur. Le site de Temis, situé à Besançon profite de cette ville historique et culturelle, aux sites classés au Patrimoine mondial de l’UNESCO, et qui laisse la part belle aux activités de plein air. Le stage se déroule dans l’équipe BioInterface aNd Devices (BIND) (https://teams.femto-st.fr/BIND/).

Contact: 

therese.leblois@femto-st.fr ;  thomas.sivier@femto-st.fr

+ d'infos :
Icône PDF 2025_09_22_proposition_de_stage_m2_vf.pdf
https://www.femto-st.fr/fr/offres-emploi-stage-these/stages#job-5874

AS2M: Stage Développement d’une librairie Python open-source d’interfaçage avec un contrôleur LabVIEW CompactRIO, pour un dispositif de recherche en neurosciences

L'équipe DATA-PHM du Département d’AS2M propose un stage de recherche de type M1/M2 Recherche / Ecole d’ingénieur.e.s à l’intersection entre l’instrumentation, les objects connectés et les neurosciences/sciences de la parole.

Le stage sera basé à l’Institut FEMTO-ST à Besançon et sera supervisé par Patrick Nectoux (Ingénieur de recherche CNRS) et Jean-Julien Aucouturier (Directeur de recherche CNRS en informatique).

Le stage sera conventionné et indemnisé par SUPMICROTECH/ENSMM (environ 570€ mensuel, selon le volume horaire).

But du stage : Le but du stage est de développer les couches Python et LabVIEW permettant une communication entre un PC et le dispositif CompactRIO via un protocole à déterminer (typiquement, port série sur connectique USB ou RS-232). Côté Python, le but est de développer une librairie avec une API permettant de passer et recevoir plusieurs types de messages (a minima, se connecter au device, lui envoyer des changements de paramètres). La librairie sera diffusée de façon open-source sur le github de l’équipe et documentée sous le framework Materials for Mkdown (ex. https://neuro-team-femto.github.io/cleese/). Côté LabVIEW, le but est de développer une couche logicielle I/O au sein du code LabVIEW existant, et qui soit capable de recevoir, parser et interpréter ces messages, ainsi que d’envoyer des informations vers Python en retour.

Dates du stage : Printemps-été 2025 (Mars - Août 2025)

Candidature : Envoyer les élements suivants

1 - un CV,
2 - une lettre de motivation (détaillant obligatoirement vos expériences de conception de systèmes communiquants, en programmation Python et en programmation LabVIEW),
3 - le nom et le contact de 1 référent académique (professeur, tuteur de stage, etc.) à même de vous recommander (pas besoin de lettre de recommandation au moment de la candidature)

Contact: 

jean.aucouturier@femto-st.fr   et patrick.nectoux@femto-st.fr

+ d'infos :
https://neuro-team-femto.github.io/2024/09/19/M2_internship_io.html
https://www.femto-st.fr/fr/offres-emploi-stage-these/stages#job-5575