Jean-Christophe Lapayre

Algorithmique Répartie pour Systèmes Collaboratifs Télé-médecine, Télé-diagnostic,

Pour l'école d'ingénieurs ISIFC en Instrumentation Biomédicale de Besançon : Responsable de des options eSanté de la troisième année de l'école

Je suis né à Antony(92) le 19 septembre 1963. Je suis marié et j'ai trois enfants : Caroline, Jean-Baptiste et Manon.

MCF le 1er septembre 1998
Habilité à Diriger des Recherches depuis décembre 2002
Professeur en septembre 2003.

De Janvier 2003 à Janvier 2007 j'ai occupé la responsabilité de Directeur du Département Enseignement Informatique de l'UFR Sciences et Technique de Besançon.

De 2008 à 2010 , j'ai assuré la Direction du Laboratoire d'Informatique de l'Université de Franche-Comté (LIFC EA 4269). Période au cours de laquelle j'ai obtenu l'entrée de mon Laboratoire le LIFC comme Dept Informatique des Systèmes Complexes (DISC) de l'Institut FEMTO-ST UMR CNRS 6174. Nous sommes donc depuis le 1er janvier 2012 le 7ème Dept de FEMTO-ST.

2011-2014 : membre élu collège A du CNU section 27

Depuis septembre 2012, au sein de l'école d'ingénieur ISIFC (Institut Supérieur d'Ingénieurs de Franche-Comté) en Génie Biomédical, Responsable de des options eSanté de la troisième année de l'école.

La Recherche

18 février 2012 : Nommé «Senior IEEE Member»

Thème et orientation de recherche

Tout en conservant le domaine de recherche dans lequel mon équipe est compétente (l'algorithmique distribuée), j'ai pris une orientation très intéressante vers la traçabilité des applications de télémédecine (en particulier de télédiagnostic). La partie applicative étant amplement facilitée et validée par mes collaborations avec l'entreprise Covalia Interactive (Désormais Maincare Solutions) issue de notre équipe.

Dans cette optique, les deux nouvelles thématiques, qui se dégagent, sont les interactions distantes collaboratives, et la traçabilité à l’aide des ontologies dans les environnements distribués collaboratifs.

• Interactions distantes collaboratives :
Dans un environnement global de télétravail, il est important de pouvoir intégrer des outils de manipulation à distance comme par exemple :
--- dans le diagnostic médical : intégration de modalités médicales,
--- dans la télédermatologie : télésurveillance et télémanipulation dans des laboratoires de culture de peau, manipulation de dermoscope pour la détection distante de mélanomes,

• Traçabilité sessions collaboratives distribuées (Thèse Kitsiri Chochiang) :
Dans ces types d’applications totalement distribuées synchrones, différents utilisateurs sur différents processeurs interviennent sur des données partagées dont il faut garantir la cohérence. Dans ce cadre il est intéressant que les séquences d’accès soient « rejouables » pour atteindre un point de cohérence. La traçabilité sur de telles applications peut s’avérer très rapidement coûteuse, et générer de grandes masses de données (d’une part dues à la masse de données et d’autre part à la distribution). Dans ce contexte, il est donc important d’utiliser de nouvelles méthodes pour optimiser la reconstruction du contexte suite à une défaillance. La traçabilité, avec en particulier la notion de corpus a été étudiée dans un contexte d’apprentissage en e-learning. Nous limitons ces premières recherches à la manipulation d’images médicales, en focalisant les travaux d’une part sur la trace (comme par exemple le tatouage d’images "watermarking"), et d’autre part sur l’optimisation de l’utilisation des traces (par exemple grâce au méthodes basées sur l’ontologie).

Ces orientations s’intègrent dans le Biom’@x de Femto-st (Biom’@x est l’axe transversal de recherche dont je suis le représentant au comité de pilotage pour le département DISC).

Les Encadrements

En dehors des financements relativement récurrents de bourses de Thèse (environ 1 tous les 4 ans), j’ai pu obtenir d’autres financements de Thèses dans le cadre de projets (Interreg, ANR…), dans le cadre de collaboration avec des entreprises (CIFRE), ou encore dans le cadre de mes collaborations internationales (Thèses en co-tutelle avec la Tunisie pour des assistants de l’Université de Sfax et Prince of Songkla University, Phuket Campus, Thailand).

Transfert et création d’entreprise

A la suite d’un projet de transfert OSEO (2007), l’entreprise Covalia Interactive, dont je suis co-créateur, a vu le jour en juillet 2007. Nous avons remporté différents prix comme notamment le Concours du Ministère de la Recherche sur l’aide à la création d’entreprises innovantes catégorie "émergence" en 2006, catégorie "création développement" en 2007 et enfin Prix de l’innovateur au Prix des Technologies Numériques Telecom ParisTech en 2010. Covalia est maintenant composée de 15 personnes : elle a remporté le marché des Hôpitaux de Pariset bien d'autres Hôpitaux en France.

La startup a intégré le groupe Maincare Solutions pour lequel elle est en charge de la télémédecine.

Implication dans les conférences internationales

Au cours de ces dernières années, j’ai participé au comité de programme de nombreuses conférences pour la plupart co-sponred IEEE comme CSCWD (2017, 2018, 2019), IEEE Int. Conf. CDVE (2017, 2018, 2019).

Implication dans la gestion des projets financés

Au cours de ces dernières années, j’ai également eu une implication forte dans les projets de recherche, ainsi que dans la recherche de financements.
• participation et co-organisation projets Interreg SAIAD 1 et SAIAD 2.

Missions d’expertise

• Au cours du quadriennal différentes expertises de dossier CIFRE pour l'ANRT, et expertise CIR pour le ministère de la recherche.

L'enseignement

Depuis 2012, en prenant la responsabilité des étudiants de troisième de l'école d'ingénieurs ISIFC (Institut Supérieur d'Ingénieurs de Franche-Comté) en Génie Biomédical, j'ai résolument intégré la composante ISIFC de l'Université.

Présentation de l’activité d’enseignement

Pour bien présenter mes enseignements, nous pouvons les classer en 3 grandes directions qui sont l’algorithmique, l’algorithmique distribuée et les systèmes répartis, et enfin la télémédecine & e-Santé.
• Dans un premier temps, j’ai concentré mes enseignements dans le domaine de l’algorithmique et des systèmes distribués. Ainsi j’ai pu initier des étudiants informaticiens débutants ou non informaticiens à l’algorithmique avec une application au langage Java. J’ai construit en particulier ce cours en première année de DEUG Sciences.
Ce cours a également été revu et adapté pour l’enseignement à distance (CTU : centre de Télé-enseignement Universitaire) afin de le rendre plus interactif à distance. J’ai pu ajouter des exercices et des vidéos supplémentaires.
• Puis je me suis intéressé à l’enseignement de l’algorithmique distribuée : il s’agit d’appliquer l’algorithmique mais avec plusieurs processeurs (ou ordinateurs) et en intégrant toutes les possibilités de communications entre ces unités. J’ai développé mon cours à deux niveaux :
--- En Licence Professionnelle « Conception Dév. Multi-tiers » : avec une partie plus applicative en C sous Linux. Il s’agit d’un cours plus orienté système et applications distribuées,
--- En Master (Pro et recherche) « Systèmes Distribués » : avec une partie plus théorique avec des validations de protocoles distribués à l’aide d’automates d’états finis, et d’outils tels que le model checker SPIN.
Parallèlement à cela, j’ai participé au montage du cours FRSDR (Fondement de la Recherche en Systèmes Distribués et Réseaux) avec les 2 collègues HdR de l’équipe CARTOON.
• Depuis 6 ans, j’ai monté un cours de télémédecine qui présente d’une part les technologies, et d’autre part la règlementation ainsi que les applications des nouvelles technologies de l’information et de la communication au domaine de la médecine. Au fil des années ce cours s’est enrichi et finalement en 2011, le comité de direction de l’école d’ingénieurs m’a demandé de porter le projet de la nouvelle option de troisième année "e-Santé". J’ai ainsi au cours de l’année 2011-2012 construit la maquette de cette nouvelle option qui a débuté en septembre 2012, et dont j’ai la responsabilité.
Tous mes cours sont disponibles en version électronique sur ma page web, ainsi que sur le serveur Moodle de l’Université : cours, TD, TP et vidéos.
Dans le cadre de mes différentes responsabilités en enseignement, j’ai monté des unités et/ou filières, et j’ai participé à la rédaction des maquettes :
• Depuis la création l’école d’ingénieurs ISIFC (Institut Supérieur d'Ingénieurs de Franche-Comté en Génie Biomédical) en 2001, j’ai pris la responsabilité des enseignements informatiques au sein de cette école. J’ai participé à la rédaction et au montage des différentes maquettes dont j’ai porté la partie informatique : cela représente 334 heTD en algorithmique, Bases de données, technologies Web, initiations aux réseaux, télémédecine.
• Comme Directeur du Département des Enseignements Informatiques de l’UFR Sciences et Techniques de Besançon, j’ai supervisé en 2003-2004 le montage du dossier LMD informatique pour 2004-2008.
• Et enfin j’ai monté au cours de l’année 2011-2012 la nouvelle option de troisième année d’ISIFC "e-Santé : des Système d’Information de Santé et Télémédecine, à la Micro-Robotique" qui représente 10 crédits ECTS répartis sur 4 modules (Systèmes d’informations de Santé, Micro–robotique, Interface Médecin Robot et Informatique pour la santé). pour la rentrée 2022 je prépare la nouvelle maquette d'options eSanté intégrant les Dispositif Médicaux Connectés et l'Intelligence Artificielle.

Présentation synthétique des enseignements

Le volume de mes enseignements est assez régulier depuis 2003 en moyenne 242 heures/an.
Je n’interviens que dans des unités dont je suis responsable : ce qui implique en plus des heures déclarées, de gérer les unités (intervenants, examens, nouvelles maquettes… ).

- (BAC 3) ISIFC1 : algorithmique (16C, 28 TD, 32 TP)
- (BAC 4) ISIFC2 : télémédecine (8C)
- (BAC 1) télé-enseignement CTU : (20C, 40TD)

- (BAC 5) suivis de stages ISIFC3 R&D (42 TD)